ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit

来源：学生作业帮助网编辑：作业帮时间：2024/04/29 04:57:30

ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit
ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit

ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit
以下是英文解释：
specific hits meet or exceed a domain-specific e-value threshold (illustrated example) and represent a very high confidence that the query sequence belongs to the same protein family as the sequences use to create the domain model
non-specific hits meet or exceed the RPS-BLAST threshold for statistical significance (default E-value cutoff of 0.01,or an E-value selected by user via the advanced search options)
照我理解的话,就是说specific hit就是铁定是这个家族的东西了,各种该保守的保守功能就跟这个家族的蛋白功能一样了,可以看做是正房太太的孩子；而non-specific hit就是说跟这个家族中保守区域绝大多数位置氨基酸是一样的,具有统计学意义,但是由于技术原因没有做过这种蛋白的具体功能,所以就是算偏房姨太太的孩子咯.

是在CDD上预测的吗？

ncbi 蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specific hit/non-specific hit 如何在NCBI上预测以蛋白质的结构域有谁知道NCBI blast检测基因序列比对结果怎么看的吗?求懂的大神们指教 NCBI Blast 中的黑色、蓝色、绿色、粉色和红色都是什么意思?在 NCBI 中进行核酸序列比对,比对结果的 Graphic Summary 中会有黑色、蓝色、绿色、粉色和红色的代表一些数值的标记, 双序列比对和多序列比对,哪种方法更能揭示蛋白质功能相关的保守序列片段?为什么? GKVVLIVNLAT DIRWNFEKFLI是我经蛋白质比对后选取的两个保守序列怎么进行简并引物的设计全序列为malhedkriplseysgkvvlivnlatyglnfqyhelnvlqetfpedfvitgfpcnqfalqepaangtelidglmhvrpgngfepnfrlfgkvevngenetplysylkescpstmdefmrsemlhya NCBI选择数据库我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时,相似度达到100%的有好几十种．选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.是什么原因,这两种数据你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问：1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是预测你好,你克隆过未知的基因吧?我也要克隆一个未知基因.我有以下疑问：1,我克隆鱼的一个未知基因.我该找多少生物的该基因来比对找保守区.因为鱼类的比较少,就两种鱼NCBI里面有Sequence,还是我把在NCBI上比对结果为99%的序列,拿来和我的序列再用DNAMAN比对一下,发现相似度只有30%了,为什么呢?我有一段序列,在NCBI上比对之后,找到一段相似度99%的序列,然后手动将这两段序列用DNAMAN比知道了一段序列怎样用ncbi查看蛋白质的三级结构? ncbi上的blast序列比对工具怎么使用,求具体操作指南. 动物dna序列为什么在ncbi上比对完和植物的该基因相似如何在NCBI中进行基因序列比对,比如小鼠p53基因与人类p53基因的比对 NCBI中蛋白质序列分析怎么在NCBI上比对其他基因? 在NCBI氨基酸序列比对中,specific/nonspecific NCBI如何查蛋白质的结构域?比如我想搜索人类蛋白质中具有ABC结构域的蛋白,在structure里面输入什么?